Der katholische Couleurstudent Jakob Weinbacher besucht das Badener Gymnasium und tritt nach der Matura 1919 ins Wiener Priesterseminar ein. 1924 wird er zum Priester geweiht und in der Folge zum erzbischöflichen Zeremoniär bei Gustav Kardinal Piffl. 1933 wird er Sekretär von Theodor Kardinal Innitzer und ein Jahr später Domprediger. 

Jakob Weinbacher wird nach dem Rosenkranzfest der Katholischen Jugend am 7. Oktober 1938 im Wiener Stephansdom am 8. Oktober 1938 unmittelbarer Zeuge des Sturmes der HJ auf das Erzbischöfliche Palais in Wien. Mit Müh und Not wird er dort nicht aus dem Fenster geworfen. 

Weil man Jakob Weinbacher als Mitglied der monarchistischen Widerstandsgruppe „Hebra“ vermutet hat, was aber nicht nachgewiesen werden kann, wird er vom 9. November 1939 bis zum 18. Dezember 1939 in der Wiener Gestapo-Zentrale im Hotel Metropole verhört und festgehalten. Da er nicht des Hochverrats überführt werden kann, wird er am 27. Mai 1940 nach Parchim in Mecklenburg gauverwiesen. Dort wird er am 4. Februar 1943 erneut verhaftet und ins Gefängnis gebracht. Hier bleibt er bis zum 13. November 1944. Jakob Weinbacher darf dann in einem Frauenkloster in Stettin seelsorgerisch tätig werden. Zur Jahreswende 1944/45 wird ihm wegen des Todes seiner Mutter die Rückkehr nach Wien erlaubt.

Am 1. Mai 1945, kurz vor der Befreiung Wiens, wird Jakob Weinbacher zum Caritasdirektor ernannt – zum Mann „der ersten Stunde beim Wiederaufbau der Caritas der Erzdiözese Wien“. Später wird er Weihbischof und Sekretär der Österreichischen Bischofskonferenz.